Orglet er bygget af orgelfirmaet Th. Frobenius & Sønner og intoneret af Erik Hult. Orglet blev indviet den 1. december 1996. Hvert orgel har sin egen sjæl og er enestående, fordi det er bygget til en bestemt kirke, hvor det passer ind i arkitekturen. I Enghøj kirke har arkitekt Henning Larsen valgt at placere orglet på et pulpitur. Som det ses, er orglet meget bredt og ser større ud, end det egentlig er, men det er Henning Larsens idé for at fuldføre rummets arkitektur. Orglet følger kirkens tagkonstruktion, dog en lille smule asymmetrisk, idet det yderste hus t.v. med pedal er det højeste. Dette er ikke valgt af hensyn til pibernes længde men for at bryde rummets “strenge” symmetri.

Orgler er alle udformet forskelligt, og Enghøj kirkes orgel hører til i den moderne ende. Alle orglets dele er fordelt i 4 orgelhuse, som er placeret ved siden af hinanden og ikke over eller bag hinanden, som det ofte ses. Over spillebordet er svelleværket placeret og ved siden af hovedværket. Pedalet er delt i to huse, som der er sat gitterværk foran. Denne opstilling gør, at det ved spillebordet, hvor organisten sidder, er svært at fornemme balancen mellem de enkelte værker, men i kirkerummet forenes klangene. På indersiden af svellelågerne er der sat plader i en tinlegering, som en “fryd for øjet”. Orgelhusene er bygget i lyst ubehandlet fyrretræ, og piberne er støbt i en legering af tin og enkelte i bly. Orglet er på 17 stemmer fordelt på 2 manualer og pedal. Orglets traktursystem er mekanisk, mens registratursystemet er elektrisk. Orglet er udført således, at et elektronisk kombinationssystem senere kan tilbygges.